Khi-deux et Fisher

Syntaxe

tab <- table(donnees$groupe, donnees$evenement)
chisq.test(tab)
fisher.test(tab)   # préférable si effectifs attendus faibles

Vérifier les effectifs attendus

chisq.test(tab)$expected

table() construit un tableau de contingence à partir des deux colonnes : ici, les lignes correspondent à groupe et les colonnes à evenement. chisq.test(tab) teste l'association entre ces variables avec le test du khi-deux ; fisher.test(tab) réalise le test exact de Fisher sur le même tableau, notamment adapté aux petits effectifs. L'expression $expected récupère dans le résultat du khi-deux la matrice des effectifs attendus, à vérifier avant de retenir ce test.

Attention : le test du khi-deux est une approximation valable lorsque les effectifs attendus sont suffisants. Une règle usuelle : tous ≥ 5 (ou au plus 20 % des cases < 5 pour les grands tableaux). Sinon, préférez le test exact de Fisher.

Note : pour un tableau 2×2, chisq.test() applique par défaut une correction de continuité de Yates. Précisez dans la rédaction quel test et quelle option vous avez utilisés.

Interprétation

Rapportez les effectifs ou pourcentages dans chaque groupe, la valeur p, et si possible une mesure d'association avec son IC (différence de proportions, risque relatif ou odds ratio selon le plan d'étude). Indiquez explicitement si l'association est significative ou compatible avec le hasard.